In december 2006 is het Protocol Dyslexie Diagnose en Behandeling beschikbaar gekomen. Het protocol geeft een leidraad om ernstige dyslexie te diagnosticeren, indiceren en behandelen. Het gaat daarbij om kinderen in de leeftijd van de basisschool (groep 3 t/m 8).
Het protocol sluit aan bij de ‘medische’ visie op ernstige dyslexie. Het omschrijft ernstige dyslexie als een stoornis in de ontwikkeling van de hersenen die bovendien genetisch is bepaald. Deze stoornis heeft taalverwerkingsproblemen als gevolg die leiden tot een ernstig probleem met het lezen en spellen van woorden ondanks regelmatig onderwijs. Daardoor zit ernstige dyslexie een normale educatieve ontwikkeling ernstig in de weg, terwijl die op grond van de overige cognitieve vaardigheden wel tot de mogelijkheden zou behoren. Ernstige dyslexie is een neurobiologische stoornis die met hersenonderzoek kan worden aangetoond. Dat maakt het een aangeboren afwijking met een functiebeperking als gevolg. Ernstige dyslexie is duidelijk te onderscheiden van andere lees- en spellingsproblemen.
Samengevat is ernstige dyslexie te definiëren als een specifieke lees- en spellingsstoornis als gevolg van een neurobiologische functiestoornis die genetisch is bepaald en te onderscheiden is van andere lees- en spellingsproblemen.
In 2013 is het protocol herzien in opdracht van de besturen van het Kwaliteitsinstituut Dyslexie en het Nationaal Referentiecentrum Dyslexie. Er zijn een aantal wezenlijke veranderingen in aangebracht. Op 1 oktober 2013 is Protocol Dyslexie Diagnose en Behandeling 2.0 door de besturen vastgesteld.